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A atual legislação brasileira determina que a avaliação dos estoques seja feita pelo Custo Médio, ou seja, pela média dos preços de compra, adicionado das despesas decorrentes de transporte, embalagem e tributos não recuperáveis. O EQ mantém os custos pelo custo médio e pelo custo de reposição.

O Custo Médio é recalculado sempre que são feitas entradas no estoque por Compra ou uma saída por Devolução ao Fornecedor. Todas as demais operações não alteram o custo médio.

O custo de reposição é, supostamente, custo que a empresa teria para repor o estoque que possui, atualmente. Normalmente é recalculado quando é feito uma nova compra. O EQ está preparado para trabalhar desta forma, isto é, ao lançar uma compra, o custo desta compra é assumido como o novo custo de reposição, no entanto também é possível atribuir uma fórmula para o seu cálculo como está explicado no capítulo Cadastro de Artigos deste manual no item cadastramento de artigos .

O EQ esta preparado para fazer o cálculo deste custo sob duas bases, por empresa ou por filial. Deve optar por uma ou por outra, de acordo com o que faculta a legislação, para a sua empresa:

1.	Por empresa, embora seja mantido o saldo do estoque individualizado por filial, o cálculo do custo médio, sempre leva em consideração o saldo total da empresa, isto é, adiciona-se a nova compra aos saldos, financeiro e físico do produto nos totais da empresa e recalcula o custo médio;

2.	Por filial, o cálculo é feito da mesma forma, levando em consideração somente os saldos, financeiro e físico, da filial. Quando o cálculo é feito por filial a operação de entrada por transferência também altera o custo médio.